Du barcoding génétique pour déterminer la biodiversité

En utilisant les techniques récentes de barcoding et de metabarcoding, nous voulons compléter notre estimation de la biodiversité basée sur l’identification morphologique des espèces du micronecton capturées pendant les campagnes en mer.

Le micronecton est un groupe très diversifié et peu étudié qui est très mal représenté dans les bases de données génétiques. Avec ce projet nous avons donc une excellente opportunité de créer une base de données de référence de l’ADN des organismes du micronecton collectés en Nouvelle-Calédonie et à Wallis et Futuna.

Le barcoding de l’ADN consiste à attribuer le code de la séquence génétique d’une région spécifique de l’ADN à chaque espèce de micronecton identifiée morphologiquement. Nous espérons pouvoir barcoder 100 à 200 espèces de poissons, calamars et crustacés.

Les données recueillies vont contribuer aux bases de données internationales accessibles publiquement (BOLD and DDBJ/EMBL/GenBank)

Nous allons utiliser plusieurs marqueurs : le gène Cytochrome Oxydase I (COI) et le gène 16S de l’ADN mitochondrial, ainsi que le gène 18S du noyau.

Nous allons également réaliser des essais de metabarcoding d’ADN environnemental. Cette méthode est basée sur la collecte dans l’eau de fragments libres d’ADN issus par exemple de cellules de peau morte, de mucus, de fluides corporels ou de faeces relargués dans l’eau par les organismes. Les fragments sont collectés en filtrant de grandes quantités d’eau. En analysant génétiquement ces fragments d’ADN et en comparant les séquences collectées avec les séquences enregistrées dans les bases de données, il est possible de déterminer quelles sont les espèces présentes dans l’eau et ainsi de déduire la biodiversité. Cette méthode offre de grandes potentialités et permettra de compléter les estimations de biodiversité déterminées à partir de l’examen morphologique des spécimens collectées par les filets à micronecton. Cependant l’ADN environnemental est une méthode en développement et les essais prévus au cours du projet BIOPELAGOS permettront d’abord de tester et d’améliorer les méthodes d’ADN environnemental ; les résultats restent incertains.

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  Argyropelecus sladeni (E. Vourey, CPS)
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  Diplophos taenia (E. Vourey, CPS)
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  Histioteuthis meleagroteuthis (E. Vourey, CPS)
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  Ichthyococcus intermedius (E. Vourey, CPS)
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  Liocranchia reinhardti (E. Vourey, CPS)
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  Myctophum sp (E. Vourey, CPS)
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  Lopiiformes (E. Vourey, CPS)
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  Echiostoma barbatum (E. Vourey, CPS)
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  Pleuronectiformes (E. Vourey, CPS)
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  Lophiiformes(E. Voure, CPS)
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  Préparation d’échantillons génétiques à la plate-forme du vivant à l’IRD-Noumea (IRD)
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  Préparation d’échantillons génétiques à la plate-forme du vivant à l’IRD-Noumea (IRD)
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  Préparation d’échantillons génétiques à la plate-forme du vivant à l’IRD-Noumea (IRD)
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  Préparation d’échantillons génétiques à la plate-forme du vivant à l’IRD-Noumea (IRD)
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  Préparation d’échantillons génétiques à la plate-forme du vivant à l’IRD-Noumea (IRD)
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  Système de filtration d’eau pour collecter l’ADN environnemental à bord du N/O Alis (E. Vourey, CPS)
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  Collecte d’échantillon d’eau issue du micronecton après chalutage en mer pour metabarcoding et identification génétique des organismes du micronecton
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  Filtration au laboratoire de l’IRD d’eau prélevée en mer pendant Nectalis 5 pour l’analyse de l’ADN environnemental